Yu☆Gi☆Oh! The Dark Side Of Dimensions Bị ám ảnh bởi việc trả thù Vua trò chơi, Seto Kaiba bắt đầu một cuộc khai quật ở Ai Cập để tìm những mảnh vỡ của Câu đố Thiên niên kỷ, thứ từng lưu giữ linh hồn của Yugi đối tác. Tuy nhiên, một người đàn ông mặc áo choàng đã đánh cắp hai mảnh ghép của Câu đố và biến mất trước khi nó có thể được tái tạo lại.
