Scooby-Doo! Học Viện Ảo Thuật Velma có một cô em tên là Madelyn- đang học bán trú tại một trường đại học dành cho các nhà ảo thuật. Một ngày nọ, mẹ Velma yêu cầu cô đến thăm em gái và kiểm tra tình hình học tập của em. Cả nhóm hướng tới Học viện phép thuật Whirl Merlin, nằm trong lâu đài Ailen. Họ gặp vị hiệu trưởng của Whirl Merlin, và làm quen với rất nhiều người khác trong trường học của Madelyn. Tại đây, cả nhóm biết được rằng một tên quái vật khổng lồ đã làm cho các sinh viên và những người khác trong trường sợ hãi.
