Ninja Loạn Thị Cậu bạn Kisanta mất tích trong khi thi hành nhiệm vụ khiến ba nhóc Rantaro, Kirimaru Shinbe và các bạn học ở trường đào tạo ninja vô cùng lo lắng. Cùng lúc này, chiến tranh giữa 2 lâu đài tại nơi Kisanta mất tích đang diễn ra ác liệt khiến các nhóc bị đẩy vào tình huống nguy hiểm khi giải cứu bạn mình
