Bí Ẩn Hành Tinh Khỉ Tiếp nối câu chuyện trong phần Planet of the Apes (1968), quân đoàn khỉ dưới sự dẫn đầu của tướng Ursus và giáo sư Zaius quyết định tấn công vào "vùng cấm" để tìm nguồn thức ăn. Trong đi đó một phi hành gia bị vượt thời gian mới đến là Brent, cùng với Taylor, Nova tìm thấy một cộng đồng người biến dị ở dưới lòng đất đang thờ cùng một quả bom nguyên tử có khả năng phá hủy hoàn toàn sự sống trên Trái Đất.
