Học Viện Anh Hùng 3: Nhiệm Vụ Giải Cứu Thế Giới My Hero Academia: World Heroes Mission sẽ tiếp nối các dự kiện diễn ra sau mùa 5 của anime TV. Một nhóm người bí ẩn tự xưng là Humarize rất tin tưởng vòa giả thuyết những đứa trẻ sở hữu Quirk có thể khiến sự sống của nhân loại kết thúc. Vì thế, họ thực hiện nhiệm vụ thanh lọc những đứa trẻ sở hữu Quirk, nhưng đồng thời cũng gây ra sự phá hoại khủng khiếp và hủy diệt vô số sinh mệnh. Để cứu mọi người, các anh hùng chuyên nghiệp đã yêu cầu các anh hùng của trường trng học U.A ra tay ứng cứu. Thế nhưng trong quá trình thực hiện nhiệm vụ có những rắc rối đã xảy ra khiến thế giới thêm phần hỗn loạn.
