Hoa Thủy Mộc Hanamizuki lấy bối cảnh chính là tại Hokkaido Nhật Bản. Sae là cô bé học sinh trung học đang trong quá trình ôn luyện để thi vào đại học. Cô mất cha khi còn rất nhỏ và sống cùng người mẹ làm y tá. Cha của Sae, Kemimichi đã trồng một cây hoa Thủy Mộc trong vườn sau khi ông phát hiện ra mình đang mắc bệnh nặng và không thể chứng kiến sự trưởng thành của Sae. Và rồi cô bé Sae ngày nào lớn lên bên cạnh người mẹ với mục tiêu thi đỗ vào một trường đại học ở Tokyo. Kohei đang theo học một trường trung học ngư nghiệp, với ước mơ nối nghiệp cha và ông mình trở thành một ngư dân giỏi. Sae và Kohei gặp nhau và cả 2 nảy sinh tình cảm.
