Hồ Sơ Tuyệt Mật Phần 2 X-Files đã bị đóng và Mulder và Scully bị tách ra. Scully thấy mình đang dạy các lớp tại Học viện FBI ở Quantico, Virginia, trong khi Mulder được giao nhiệm vụ giám sát. Với Đặc vụ Alex Krycek là đối tác mới của anh ấy và X bí ẩn là nguồn thông tin mới của anh ấy, Mulder đấu tranh để duy trì cuộc tìm kiếm sự thật của mình. Nhưng trớ trêu thay, chính Scully lại là người trải qua cuộc gặp gỡ thân thiết mà Mulder hằng mong đợi, tham gia một cuộc hành trình mà cuối cùng sẽ đưa hai đặc vụ trở lại với nhau và tạo nên một mối quan hệ khiến họ gần gũi hơn bao giờ hết.
