Đặc Vụ Không Gian: Không Đơn Độc Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của những sinh vật khổng lồ "Angel". Năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đụng độ một Angel. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên "Eva" để chiến đấu chống lại Angel.
