Cậu Bé Tương Lai Cốt truyện lấy bối cảnh thế giới sau cuộc chiến tranh hủy diệt hầu hết các châu lục đã bị chìm do bom từ tính, một cậu bé tên Conan là người đã được sinh ra trong thời kỳ thế giới đang phục hồi lại trên một hòn đảo, đã làm quen với một cô bé tên Lana người bị trôi dạt lên hòn đảo của cậu. Khi Lana bị bắt cóc Conan đã tiến hành một cuộc phiêu lưu để cứu cô và trên đường đi cậu đã làm quen được với nhiều nhân vật khác nhau.
