Blue Archive The Animation Kivotos là một thành phố khổng lồ được tạo thành từ hàng ngàn học viện lớn nhỏ. Tại đây, những vụ xô xát dẫn đến nhiều cuộc đấu súng nảy lửa giữa các nữ học sinh đã từ lâu trở thành một phần của cuộc sống thường ngày. Cùng lúc đó tại Abydos, có một ngôi trường trung học đang đứng trước nguy cơ bị đóng cửa vĩnh viễn.
